新农村化粪池由相连的三个池子组成，中间有过粪孔，主要是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，粪便在新农村厕所改造内经过长时间的发酵分解，中层粪液由1池流至3池，以达到沉淀或杀灭粪便中寄生虫卵和病菌的目的，第3池粪液成为优质化肥。
农村化粪池的基本原理是利用寄生虫卵的比重大于粪尿混合液而产生的沉淀作用及粪便密闭厌氧发酵、液化、氨化、生物拮抗等原理除去和杀灭寄生虫卵及病菌，控制蚊蝇滋生，从而达到粪便无害化的目的。
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